撤離艾爾

塔薩達勇敢的自我犧牲雖然摧毀了主宰，但無數剩餘的蟲族仍在艾爾星球上肆虐，並大有吞沒殘存神族的可能。澤拉圖將黑暗聖堂武士自建的家園，夏庫拉斯行星開放給自己的同胞作為避難所。執行官亞坦尼斯同秘密議會中倖存的成員艱難地決定攜手，他們共同的目標就是儘可能地拯救更多的神族。

吉姆•雷諾的部隊和神族殺出一條血路，來到了古老的薩爾納加空間之門，通過這個遠古遺跡，澤拉圖打開了通往夏庫拉斯星球的另一條通道。戰鬥中，雷諾和一部分的神族脫離了主要隊伍，幸好亞坦尼斯和澤拉圖還是帶領著大部分神族通過空間之門安全抵達了夏庫拉斯星球。

但他們發現，一部分蟲族也尾隨他們穿過了傳送門。剛剛撤離出來的難民和黑暗聖堂武士們聯合起來對抗入侵者。與此同時，雷諾的部隊和少量的神族選擇了留在艾爾星球上，並關閉那裡的空間之門，確保不會有更多的蟲族入侵夏庫拉斯星球。由於無路可退，這支勇敢的部隊注定將遭受被毀滅的命運。

脆弱的同盟

很好，凱莉根。我們相信妳的話。但請妳記住：這裡容不下妳的背叛。
——芮澤格爾 

悲痛的黑暗聖堂武士將諸位訪客引薦給了夏庫拉斯的長者，女族長芮澤格爾。神族當前的首要任務就是消滅橫行在夏庫拉斯星球上的蟲族。芮澤格爾宣稱在星球上的一處薩爾納加聖殿能夠淨化這個世界，但啟動它需要兩枚水晶體，卡利斯和烏拉，可是這兩枚水晶石很久以前就不知去向了。

凱莉根意外地出現，她告訴謹慎的神族隨著主宰的滅亡，她已經不再是那個冷血的屠殺機器了。但殘存的腦蟲已經開始融合，意圖創造一個新的主宰以便快速控制整個蟲族種群並將凱莉根重新轉化成主宰的爪牙。

凱莉根提出願意幫助取回卡利斯和烏拉水晶體，芮澤格爾不顧亞坦尼斯和澤拉圖的反對，接受了她的幫助。神族戰士和凱莉根首先出發前往布萊西斯星球，並在那裡成功的找到了烏拉水晶。在途中，他們遭遇了自稱是地球聯合理事會（UED）的陌生人類部隊。神族拒絕投降且擺脫了 UED 的追捕。

回收水晶體任務的下一站是查爾星球，卡利斯水晶體位於新主宰生長的危險地帶。在一場與蟲族新生主宰展開的時間競賽中，他們成功取回了卡利斯水晶體，返回了夏庫拉斯。

夏庫拉斯的悲劇

一定有什麼不對勁。我們的女族長從來都是英明和仁慈的。雖然她的決定尚有可取之處，但這絕對不是她的一貫風格。
——澤拉圖

的確有這樣的可能……但現在我們必須討伐自己的戰友。願亞頓寬恕我們。
——亞坦尼斯

在星球上，一些來自艾爾的難民倒戈對抗他們的黑暗聖堂武士盟友。已經備受困擾的芮澤格爾無心交涉，下令黑暗聖堂武士清除反對的聲音。澤拉圖對此感到左右為難，但他同他的戰士們還是執行了命令。叛亂被平息後，黑暗聖堂武士要求叛軍的首領投降，但卻遭到了拒絕，叛軍宣稱其他神族已經註定要遭到毀滅，而芮澤格爾一定藏有不可告人的秘密。

沒等叛軍首領進一步說出自己的理由，凱莉根和她的蟲族爪牙們就殘忍地殺害了他。澤拉圖憤怒地命令凱莉根離開夏庫拉斯。她欣然接受，並告訴他這次聯手已經幫助她完成了自己的目標。腦蟲始終拒絕服從她的領導，而如今黑暗聖堂武士已經幫助她消滅了所有腦蟲。

神族只有釋放薩爾納加聖殿的強大力量才能阻止蟲族毀滅一切，即使明知這樣做會進一步幫助凱莉根，但別無選擇的神族也只好照計劃進行。亞坦尼斯和澤拉圖攜帶著水晶體來到了聖堂的頂峰，啟動聖堂的巨大能量消滅了夏庫拉斯上所有的蟲族。

發現幽能干擾器

UED 長期以來一直密切監視著克普魯星區人類移民地。隨著神族和蟲族的先後出現，地球聯合理事會中的管理階層認為重新統治遠方同族的時機已經成熟。

UED 派出了一支由杜加爾上將率領的遠征艦隊。他的使命是推翻泰倫自治聯盟的政權並捕捉新生的主宰。首先，在薩米爾‧杜蘭和他的聯邦抵抗軍的協助下，UED 艦隊拿下了布萊西斯星球作為停留與補給點。杜加爾的戰術顧問斯杜科夫中將在此收編了杜蘭的部隊。

下一步，杜加爾對達拉瑞恩船塢進行了突襲，奪取了許多停靠在那裡的自治聯盟戰巡艦。由埃德蒙‧杜克將軍率領的聯盟援軍雖然及時趕到，但終究因為寡不敵眾而被迫撤退。取得勝利的 UED 毀掉了船塢，並徵召了殘存的達拉瑞恩防衛人員。

UED 在塔桑尼斯星球上發現了一個秘密武器：幽能干擾器，可以用來阻斷蟲族的通訊。如果自治聯盟控制這個武器，UED 將無法按計劃對蟲族進行利用。因此，杜蘭提議摧毀這個武器，而杜加爾則無視斯杜科夫的一再反對，同意了這個提議。

杜蘭協同 UED 軍取得了幽能干擾器，但數名 UED 幽靈特務趕到並聲稱斯杜科夫已經命令他們拆除該項設備。杜蘭別無選擇，只能將干擾器交給他們。

斯杜科夫的挑戰

 哼！這個自稱"帝王"的人竟敢跟我對話？以你的名聲來講，你活得太久了，蒙斯克，你不過是個賤民。指揮官，準備逮捕這個傢伙。
——杜加爾

UED 艦隊向自治聯盟的首府克哈四號星球進軍。在襲擊克哈星首都奧格斯葛雷德的作戰中，杜加爾的艦隊最終包圍了蒙斯克的殘餘部隊。就在 UED 部隊準備逮捕被廢黜的帝王時，吉姆·雷諾乘坐蒙斯克的舊指揮艦海伯利昂號同一小隊神族趕到。雷諾、他的神族盟友和蒙斯克攜手逃出了包圍，UED 隨後展開了激烈的追擊。

雷諾和蒙斯克來到了艾爾星球，準備通過空間之門撤離，UED 跟蹤他們相繼而至。傳送門的能量引來了周圍蟲族的攻擊，就在這時，斯杜科夫吃驚地發現杜蘭的部隊撤離了戰場，這使UED 部隊直接暴露在蟲族的攻勢下。斯杜科夫無法同時抵擋蟲族和抓捕蒙斯克，只好命令部隊撤退。斯杜科夫本人卻意外地去到了布萊西斯星球。

杜加爾接到雷諾和蒙斯克逃離，以及斯杜科夫在艾爾星球放棄戰鬥的消息後感到十分迷惑。當 UED 偵測到布萊西斯星球上出現幽能干擾器時，杜蘭斷言斯杜科夫重新製造了塔桑尼斯星球上的那種設備，目的是為了破壞 UED 的計劃。面對這樣的情況，杜加爾只有下令杜蘭找到並處決斯杜科夫。

我簡直無法相信。但證據就擺在眼前。你到底做了些什麼？
——杜加爾

杜蘭射傷了斯杜科夫後隨即溜走，傷勢嚴重的斯杜科夫告訴杜加爾，杜蘭才是真正的叛徒，並且很有可能已經被蟲族感染。是杜蘭放走了蒙斯克和雷諾，並建議毀掉幽能干擾器，而斯杜科夫之所以重新組裝起干擾器，是因為他堅信這個設備是將人類從蟲族侵略中拯救出來的關鍵。

斯杜科夫的話說服了杜加爾，他在布萊西斯設立了要塞，隨後率領 UED 艦隊前往查爾星球。UED 部隊突破了新主宰的防線，並對其注射了神經控制劑，以便實施控制。

控制蟲群

控制劑開始逐漸起效，這時杜蘭和刀鋒女皇突然出現在 UED 面前。凱莉根介紹說自己是蟲族的領袖，並且杜蘭也確實已被感染。杜加爾威脅要用幽能干擾器破壞她對蟲族的控制，但凱莉根表示她會摧毀這個武器。她對杜加爾處決斯杜科夫表示了謝意，然後便離開了。

UED 在查爾星球上建立了基地並控制了主宰的部隊，該部隊事實上佔據了蟲族種群中的絕大多數。這一進展使 UED 佔據了決定性的優勢，因為幽能干擾器同時能夠阻止凱莉根對未被主宰奴役的蟲族進行控制。

我可以肯定地說，阿克圖洛斯，沒有我的幫助，你後半生無非是在狹小的牢房中做你自己的帝王罷了。
——凱莉根 

她跟夏庫拉斯取得了聯繫，說服了吉姆·雷諾和神族將剩下的自治聯盟艦隊從 UED 手中救出來。儘管雷諾和神族尚存懷疑，但凱莉根告訴他們，控制蟲族僅僅是理事會全盤計劃的第一步。地球勢力最終必將吞沒整個星區。

另外，凱莉根聲稱她對蒙斯克沒有惡意。她需要蒙斯克的幽能發射器來奪回對其餘蟲族生物的控制權，並摧毀幽能干擾器，擊敗理事會的艦隊。做為回報，她將幫助蒙斯克奪回克哈四號星球。在別無選擇的情況下，蒙斯克答應了她的提議。凱莉根的計劃得到了完美的執行，她也順利地摧毀了幽能干擾器。

同盟瓦解

凱莉根實現了自己的目的，在蟲族大軍中確立了地位，也幫助蒙斯克從 UED 手中奪回了克哈星。然後，她在毫無警示的情況下對自治聯盟和神族營地發動了突襲。杜克將軍當場陣亡，但凱莉根卻放過了蒙斯克，她要讓蒙斯克親眼看著她登上權力的頂峰，並在他的痛苦中盡情享受復仇的快感。吉姆·雷諾也逃脫了劫難，他發誓有朝一日一定要親手殺了凱莉根。

你說的對，菲尼克斯。我利用了你達成目的，你的表現同我預期的一樣。你們神族全都是些剛愎自用、容易掌控的傢伙，你們最大的敵人就是自己。
——凱莉根

這非常諷刺。塔薩達爾曾經在查爾星球給你們上過相同的一課。
——菲尼克斯 

接下去，凱莉根劫持了芮澤格爾，將她帶到了查爾星球。澤拉圖自然隨後趕來，並要求安全釋放他們的女族長。凱莉根提出了一個交易：如果澤拉圖和他的同胞能除掉新主宰，凱莉根可以釋放芮澤格爾。無疑，主宰是神族和凱莉根共同的敵人，澤拉圖不情願的答應了這個交易。

澤拉圖和其他神族一起消滅了主宰，但他隨即發現凱莉根早就已經奴役了黑暗聖堂武士的女族長。刀鋒女皇以精明的策略戰勝了神族。主宰和它的腦蟲死後，所有克普魯區的蟲族都受到了凱莉根的控制。

但黑暗聖堂武士並沒有放棄。他們秘密的將芮澤格爾解救出來，但未等他們帶著女族長安全撤離之前，凱莉根的爪牙就已經包圍了澤拉圖的基地。凱莉根一步步逼近，澤拉圖親手殺死了芮澤格爾，他寧願女族長這樣死去，也不願她再次落入凱莉根的手中。在芮澤格爾彌留之際，她感謝了澤拉圖將她從凱莉根的奴役中解救出來。凱莉根決定放走澤拉圖，不想讓他平靜地死去。被悲痛與內疚蹂躪的澤拉圖發誓要為芮澤格爾報仇。

強大的力量

這種生物是輪迴的終結。它在宇宙次序中的角色早在恆星剛剛形成時就已注定。好好看著你們種族演化的巔峰吧。
——杜蘭 

正當澤拉圖和他的子民們離開查爾星球時，他們捕獲了來自一個不明衛星上的神族能量信號。澤拉圖帶領一些子民展開了調查，他們發現有人正運用基因拼接技術創造一種整合了蟲族和神族 DNA 的混合體生物。

至少在某一次實驗中，嘗試取得了成功。感到憎惡與不安的澤拉圖眼前突然出現一名人類男性，他在凝固艙前現身，並自我介紹為薩米爾·杜蘭。

澤拉圖想起了這個名字，並問到是不是凱莉根在幕後主導了這個混種工程。杜蘭否認了這種推斷，告訴他自己為一個更強大的力量服務。蟲族與神族的混合體是一個巨大循環的最後一個步驟，而這個循環也已接近尾聲。散佈在上千個不同星球上的混合體不久就將甦醒，到那時，整個宇宙將面臨著永久的革新。深受這一情況困擾的澤拉圖和其他子民返回艦船，繼續駛向夏庫拉斯。

凱莉根的崛起

刀鋒女皇很快迎來了另一個威脅，她對杜蘭的突然消失也感到十分不滿。阿克圖洛斯·蒙斯克似乎又集結了一批追隨者，拼湊出了一支新的艦隊。亞坦尼斯也率領神族艦隊通過傳送從夏庫拉斯來到這一區域。最後，但也是最重要的，頑強的杜加爾上將決心擊敗這個一手策劃了斯杜科夫之死的女人。

你大大的低估了我，我的女皇。
——杜加爾  

 我不這麼看，上將。你看，此時此刻……我完全成了宇宙中令人畏懼的女皇。你們這些玩具船艦無法再礙事了。
——凱莉根

凱莉根讓這三支軍隊明白了輕視蟲族的下場。面臨失敗的定局，蒙斯克和亞坦尼斯被迫退出戰鬥。最後的戰事已十分清楚，孤軍奮戰的 UED 不可能取得勝利。杜加爾提出如果凱莉根能夠給自己的士兵一條活路，他願意投降。但刀鋒女皇無意收什麼戰俘。相反，她告訴杜加爾調轉航向逃向地球，在派出部隊進行追擊前厚道地讓他先走一段路。

杜加爾和被重創的船艦無奈之下只得聽從了凱莉根的安排。在旗艦亞歷克桑德號上，杜加爾為妻子寫下了遺書。他的任務失敗了。他未能制服蟲族，也未能征服移民星球。他的高傲自大害死了斯杜科夫，也將理事會的艦隊推上了絕路。

就在凱莉根的部隊即將趕上並摧毀 UED 艦隊前，這位上將選擇了自殺。沒有一艘理事會的艦船能夠返回地球報告克普魯區所發生的一切。